本校於2007年八月以任務編組方式於工程技術研究所成立醫學工程領域並招收博碩士班學生，並結合校內相關師資與國防醫學院、三軍總醫院之教授與醫師，共同指導學生進行研究。於2009年八月獲准成立獨立研究所。本所初期乃經由本校不同系所與國防醫學院師資的結合，並配合三軍總醫院醫師的臨床經驗，進而培養兼具工程技術與醫學知識的醫學工程人才，以促進國內醫工產業之發展，並提昇經濟與照顧國民醫療福祉；並將於兩年內聘足專任教師與擴增專業實驗室等教學研究設施，以符合獨立所之規模。目前研究領域如下：生醫材料、植牙工程與植體、組織工程、生醫電子、醫學機電工程、生醫資訊、醫學訊號影像、人工骨骼植體、生物力學、藥物釋放材料與新藥合成、快速成型與精密加工、數位病理與轉譯癌症研究等。
